Universitas Proklamasi 45 Yogyakarta memiliki Program Studi (Prodi) yang bernaung di 5 (lima) Fakultas, yaitu Prodi Manajemen (Fakultas Ekonomi), Prodi Ilmu Hukum (Fakultas Hukum), Prodi Administrasi Negara (Fakultas Ilmu Sosial dan Politik), Prodi Psikologi (Fakultas Psikologi), Prodi Teknik Mesin, Prodi Teknik Perminyakan dan Prodi Teknik Lingkungan (Fakultas Teknik).
| Institusi | No. SK | Tahun SK | Peringkat | Sertifikat |
| Universitas Proklamasi 45 | 0567/SK/BAN-PT/Akred/PT/V/2016 | 2016 | B | Lihat |
| No | Program Studi | No. SK | Tahun SK | Peringkat | Sertifikat | |
| Baru | Lama | |||||
| 1 | Manajemen | 468/SK/BAN-PT/Akred/S/XII/2014 | 2014 | B | Lihat | Lihat |
| 2 | Ilmu Hukum | 1452/SK/BAN-PT/Akred/S/V/2018 | 2018 | B | Lihat | Lihat |
| 3 | Administrasi Negara | 972/SK/BAN-PT/Akred/S/IX/2015 | 2015 | B | Lihat | Lihat |
| 4 | Psikologi | 4799/SK/BAN-PT/Akred/S/XII/2017 | 2017 | B | Lihat | Lihat |
| 5 | Teknik Mesin | 2185/SK/BAN-PT/Akred/S/VII/2017 | 2017 | B | Lihat | Lihat |
| 6 | Teknik Perminyakan | 4401/SK/BAN-PT/Akred/S/XI/2017 | 2017 | C | Lihat | Lihat |
| 7 | Teknik Lingkungan | 492/KPT/I/2016 | 2016 | C | Lihat | Lihat |
| 8 | Teknik Industri | 2017 | (dalam proses) | |||
